В любом случае API открыто, пример кода клиента есть. Технически никто не мешает независимым разработчикам создать свои версии клиентов, это снизит зависимость от официального клиента, но потребует доверять уже стороннему разработчику.
Либо сделай сам, либо выбирай кому будешь доверять.
Вот если бы Google и Apple предоставили платформы сборки бинарей на основе открытых репозиториев с пометками, что такая-то версия приложения собрана из этой версии кода…

Это называется «закладка» в коде ПО, она должна заведомо находиться в коде клиента Telegram. А так как код клиента открыт, то наличие закладки будет видно всем и доверие пользователей будет безвозвратно утрачено. Кроме того, у Telegram действует bug bounty программа по поиску уязвимостей в клиенте и в протоколе, то есть они платят за поиск подобных уязвимостей в коде.